SMP Lil Wathon didirikan sejak tahun 1994 yang bernaung di Yayasan Islam Lil Wathon.
Sampai saat ini yang pernah menjadi kepala sekolah adalah :
1. HUSNUL MUDJTAHID, S.Pd (1994 - 1998)
2. Drs. H. KUSMADI, A.Ma (1998 - 2003)
3. MOH. SA'RONI, S.Ag (2003 - 2006)
4. NURUL HIDAYATI,S.Pd (2006 - 2007)
5. MOH. SA'RONI, S.Ag (2007 - 2009)
6. BACHTIAR HIDAYAT, S.Pd (2009 - Sekarang)
